Seit 1892, als der Rhein reguliert und in Bahnen gelenkt wurde, ist das Rheintal vor schlimmeren Hochwassern verschont geblieben.
Bei Rüthi und weiteren Orten blieb jedoch die Gefahr lokaler Hochwasser, verursacht durch starke Regenfälle. In den Jahren 2006 bis 2008 ist in Rüthi deshalb der Binnenkanal umgestaltet worden. Neben dem Hochwasserschutz ist auch ökologisch wertvoller Lebensraum für Tiere und ein Naherholungsgebiet für Einwohnerinnen und Einwohner entstanden.
Im Rheintal gibt es mehrere Naturschutzgebiete. Dazu zählt auch das Naturschutzgebiet Bannriet mit dem Naturzentrum Schollenmühle zwischen Altstätten und Oberriet. Die Weite des Riets vermittelt einen Eindruck, wie das Rheintal vor der Industrialisierung ausgesehen hat. Das Bannriet ist ein Flachmoor und ein Amphibienlaichgebiet von nationaler Bedeutung. Die von Pflanzen, Vögeln und Amphibien genutzten Tümpel und Gräben wurden grösstenteils von Menschenhand beim Abbau von Torf geschaffen.
Hochwasserschutz und Renaturierung: Das ist auch das Ziel des Grossprojekts Rhesi (Rhein, Erholung, Sicherheit). Auf 26 Kilometern Länge zwischen der Ill-Mündung und dem Bodensee sollen der Hochwasserschutz verbessert, die Dämme verbessert und der Rheinlauf ökologisch aufgewertet werden. Ab dem Baubeginn dauert die Umsetzung rund 20 Jahre.
